В монастыре особо почитаются святыни:
- мощи преподобного Павла Обнорского под спудом в часовне в его честь;
- мощи преподобномучеников Обнорских: Ефрема, Герасима, Иеронима, Исаакия, Дионисия и Митрофана, – под спудом на месте разрушенного Троицкого собора;
- камень, на котором молился преподобный Павел Обнорский;
- два источника, открытые святым, – в лесу вблизи монастыря;
- поклонный крест на насыпном холме, называемом Голгофа;
- часть дупла липы, в котором 3 года жил преподобный Павел, – в Успенском храме;
- ковчег с частицами мощей более чем 20 святых, в том числе свт. Николая Чудотворца, прп. Сергия Радонежского, прпп. Кирилла и Марии Радонежских;